१. व्यवस्थापन महाशाखा
२. अन्तर्राष्ट्रिय सम्बन्ध, सूचना तथा समन्वय महाशाखा
३. राष्ट्रपतिको निजी सचिवालय महाशाखा
४. कानून महाशाखा
महाशाखाहरूले गर्ने कार्य निम्नानुसार रहेका छन्
१. व्यवस्थापन महाशाखा
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको कार्यसम्पादनका लागि आवश्यक प्रशासनिक सहयोग उपलब्ध गराउने
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको कार्यक्रम व्यवस्थापन तथा भ्रमणहरूको व्यवस्थापन गर्ने
- सुरक्षा निकायहरूसँग समन्वय गर्ने
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको कार्यक्रम र भ्रमण सम्बन्धी अभिलेखिकरण व्यवस्थित गर्ने
- आर्थिक व्यवस्थापन सम्बन्धी कार्य
२. अन्तर्राष्ट्रिय सम्बन्ध, सूचना तथा समन्वय महाशाखा
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको वैदेशिक सम्बन्ध सम्बन्धी कार्य
- विदेशी राजदूतहरूको ओहदाको प्रमाणपत्र सम्बन्धी
- विदेशी कूटनीतिज्ञ एवं अन्य वैदेशिक व्यक्तिहरूको भेटघाट सम्बन्धी व्यवस्था मिलाउने
- राष्ट्रिय र अन्तरराष्ट्रिय स्तरमा सम्माननीय राष्ट्रपतिको तर्फबाट हुने पत्राचार सम्बन्धी कार्य
- सम्माननीय राष्ट्रपतिले दिनु हुने सन्देश र शुभकामनाको मस्यौदा तयार गर्ने
- विभिन्न कार्यक्रमको समन्वय र आवश्यक श्रोतका लागि समन्वय
३. राष्ट्रपतिको निजी सचिवालय महाशाखा
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको कार्यक्रम व्यवस्थापन
- सम्माननीय राष्ट्रपतिलाइ सम्बोधन गरी प्राप्त हुने निवेदन तथा पत्रहरू अध्ययन गरी पेश गर्ने
- सम्माननीय राष्ट्रपतिको कार्यालयमा हुने भेटघाट व्यवस्थापन
- सम्माननीय राष्ट्रपतिबाट हुने आदेश, निर्देशनको कार्यान्वयन बारे अनुगमन र समन्वय
४. कानून महाशाखा
- संवैधानिक एवं कानुनी रायपरामर्श सम्बन्धी
- विधेयक तथा अध्यादेश प्रमाणीकरण सम्बन्धी
- लिखित जवाफ तयारी एवं दर्ता प्रतिरक्षी सम्बन्धी
- संवैधानिक अङ्गका पदाधिकारीहरूको नियुक्ति, शपथ ग्रहण र वार्षिक प्रतिवदेन सम्बन्धी
- कानून तर्जुमा, संशोधन सम्बन्धी
- न्याय सम्पादन एवं न्याय प्रशासन
- आममाफी तथा विभूषण र अलंकार सम्बन्धी अन्तरराष्ट्रिय कानुन, सन्धी संझौता र सो सम्बन्धी अन्य